Да, либо держать (благо, объемы современных карт позволяют), либо если начали модифицировать новый файл, то предыдущий скидывать на диск.
А еще, пожалуй, выкопаю просьбу из 2017го года)
Из-за того, что заранее неизвестно, сколько времени ResExplorer будет добавлять файл при импорте или при создании анимации из кадров, приходится для ahk задавать время ожидания с запасом, что существенно замедляет импорт.
Если у ResExplorer'a будет меняться текст окошка с "Disciples II Resources Explorer" на "Disciples II Resources Explorer (Buzy)" при открытии окна импорта или создания анимации, а потом обратно по завершении всех действий, то скрипт будет точно знать, в какой момент можно продолжить работу, что заметно повысит скорость импорта